http://www.ubuntugeek.com/how-to-install-pepper-flash-for-chromium-web-browser-on-ubuntu-gnulinux.html
ここ見れば分かると思います。
端末で
sudo apt-add-repository ppa:skunk/pepper-flash
sudo apt-get update
sudo apt-get install pepflashplugin-installer
その後にchromiumの設定
/etc/chromium-browser/default
ここのテキストファイルをルートで開いて
CHROMIUM_FLAGS="$CHROMIUM_FLAGS --ppapi-flash-path=/usr/lib/pepflashplugin-installer/libpepflashplayer.so --ppapi-flash-version=$FLASH_VERSION"
を追加して上書き保存
以上でchromeのpepper-flashをchromiumで使える。
ubuntu14.04使ってる人は
http://qiita.com/cm3/items/ec4b6b8dce63bc107510
こちらを参考に。
11/15追記
上の方法だとうまくいかないかも。
http://askubuntu.com/questions/449103/chromium-34-and-later-cannot-detect-flash-plugin
リンクの通りに
sudo apt-add-repository ppa:skunk/pepper-flash
sudo apt-get update
sudo apt-get install pepflashplugin-installer
この後
/etc/chromium-browser/default
をルートで開いて
. /usr/lib/pepflashplugin-installer/pepflashplayer.sh
を書き足して上書き。
これで最新pepper flashが使える。